Pillay uppmanade de bangladeshiska militärstyrkorna att prioritera en snabb återgång till civil styrning.
”Uppbyggandet av en stabil, demokratisk regering är avgörande för nationens långsiktiga fred och välfärd”, sa Pillay.
”Vi uppmanar alla parter att engagera sig i dialog och arbeta tillsammans mot en fredlig övergång.”
WCC bekräftade National Council of Churches i Bangladeshs uppmaning till böner för skydd av etniska och religiösa minoriteter som för närvarande attackeras i olika delar av landet.
”Vidare betonar WCC vikten av att skydda välbefinnandet för rohingya-flyktingarna i Bangladesh”, tillade Pillay.
”Dessa individer, som redan har stått inför enorma svårigheter, måste skyddas och deras rättigheter respekteras under den här perioden av politisk förändring.”
Christopher Adhikari, president för Bangladesh Baptist Church Sangha och medlem i WCC:s centrala kommitté, beskrev landets utsatta rättsliga och ordningstillstånd.
”Det finns rapporter om brända hindutempel och attacker mot både hindu- och kristna familjer av vissa politiska, icke-studentgrupper”, sa Adhikari.
”Låginkomsttagande människor påverkas allvarligt på grund av långvariga blockader och utegångsförbud.”
Pastor John Karmakar, generalsekreterare för Bangladesh Baptist Church Sangha, betonade vikten av att be för minoritetsbefolkningar i Bangladesh för att försöka minska våldet.
”Vi vill arrangera interreligiös dialog och solidaritet inom de olika religiösa grupperna och lokala regeringarna så snart som möjligt”, sa han.
”Fortsätt be för fred och rättvisa.”
National Council of Churches i Bangladesh, i ett uttalande den 6 augusti, uttryckte sitt stöd för fridfulla och rättvisa lösningar.
”För närvarande är den övergripande situationen nästan under kontroll”, står det i uttalandet.
”Vanligt folk återfår sina normala liv.”
Men uttalandet noterade att många kyrkor och kontor tillhörande kristna och andra minoritetsgrupper har vandaliserats.
”Fortsätt be för alla minoriteter, inklusive våra kristna människor, kyrkor och organisationer, för deras säkerhet och fridfulla liv, och särskilt för normalisering för landets situation och etablerande av rättvisa, mänskliga rättigheter och fredliga lösningar”, avslutar uttalandet.