Under 1982 blev Lundy direktör för National Student Young Women’s Christian Association i New York. Där etablerade hon en regional koalition omflyktplatser och var medordförande för Sanctuary Committee vid Riverside Church. År 1986 hjälpte hon till med att transportera en flyktingfamilj från Tucson, Arizona, till Riverside Church.
Samma år, under rättegången mot presbyterianska ministern John Fife och andra ledare för flyktingrörelsen, kallades Lundy och 11 andra aktivister till vittnesbåset. Hon vägrade och placerades under husarrest under rättegången.
År 1987 blev Lundy direktör för Women’s Ministry Unit of the Presbyterian Church (USA), senare omdöpt till Women’s Ministries 1994.
Hon var medordförande för USA-kommittén för WCC-ekumeniska decenniet Church in Solidarity with Women (1988–1998). Som en del av denna satsning hjälpte hon till att organisera Re-Imagining Conference 1993 i Minneapolis, som samlade över 2 000 deltagare från hela världen för att utforska feministisk teologi och ritualer. Konferensen mötte kritik för att ha använt termen ”Sophia” i böner, vilket ledde till anklagelser om kätteri och häxeri. Trots General Assembly Councils initiala beslut att inte vidta åtgärder, avsattes Lundy från sin position i maj 1994.
”I was looking for a woman to fill the position of deputy general secretary which had become vacant after Mercy Oduyoyes departure in 1994,” recalled Rev. Dr Konrad Raiser, tidigare WCC-generalsekreterare. ”I received strong recommendations to consider Mary Ann whom I had not yet met.”
Lundy tjänade som WCC deputy general secretary från 1995-1999.
”Hennes ansvar var i huvudsak att övervaka och samordna rådets programverksamhet i de fyra nybildade enheterna,” sa Raiser. ”På grund av sin erfarenhet och breda erfarenhet fick hon snabbt acceptans och förtroende från de fyra direktörerna och deras kollegor. Med sin varma och generösa personlighet stärkte hon ledningsteamet inom rådet och vi utvecklade ett förtroendefullt förhållande.”
I samband med WCC 8th Assembly i Harare var hon ansvarig för att organisera den första systematiska processen för programutvärdering.
”Utvärderingen visade att alla fyra enheterna och de nyutnämnda kommissionerna hade utvecklat en tydlig programprofil,” påminde Raiser. ”Det blev dock också uppenbart att hoppet om en tydligare programmatisk integration genom den nya strukturen inte hade fullt ut förverkligats.”
Kort efter WCC 8th Assembly, i början av 1999, gick Lundy i pension. ”Jag bevarar en mycket varm och tacksam minne av tiden vi arbetade tillsammans i generalsekretariatet,” sade Raiser.
